Die Naturschutzbehörden der kommunalen Ebene bei den Landkreisen oder Landratsämtern nehmen neben eigenen auch die staatlich geprägten und normierten Aufgaben wahr. Sie handeln dabei in enger Kooperation mit den Städten und Gemeinden. Neben der regionalen Planung im Bereich des Naturschutzes, der Landschaftsrahmenplanung und der Raumordnung sind diese Behörden für die Umsetzung fast aller Naturschutzaufgaben verantwortlich. Die große Zahl der Behörden in Deutschland führt zu vielfältigen Formen der Aufgabenwahrnehmung. Durch Fachaufsicht des jeweiligen Landes kann ein gesetzkonformes und fachlich sicheres Handeln sichergestellt werden.

Die Gemeinden sind u.a. für die vorsorgende Planung für ihren Kompetenzbereich verantwortlich. Die örtliche Landschaftsplanung, die in der Regel parallel zur Flächennutzungsplanung erstellt wird, ist eine gute Grundlage, die örtlichen Ziele im Aufgabenbereich des Naturschutz herausarbeiten, ihre Profile der gemeindlichen Entwicklung zu schärfen und die entsprechenden Maßnahmen und Erfordernisse festzulegen. Dazu gehört auch die Erholungs- und Gesundheitsvorsorge als zentraler Baustein. 

Entsprechendes gilt für die Sicherung des Biotopverbundes und die biologische Vielfalt im Rahmen der kommunalen Verantwortung für die Flächennutzungsplanung, bauliche Entwicklung und Verkehrsinfrastruktur.

Entscheidend für den Erfolg der Umsetzung der Naturschutzaufgaben ist die Einbeziehung der Bevölkerung in die Entscheidungsfindung. Dabei ist die Beachtung der Beteiligungsrechte der Verbände nur ein wenn auch entscheidende Grundlage.