Staatliches Handeln im Naturschutz wird durch die Behörden und öffentlichen Stellen wahrgenommen. Nach dem Bundesnaturschutzgesetz sollen die nach Landesrecht für Naturschutz und Landschaftspflege zuständigen Behörden und das Bundesamt für Naturschutz Aufgaben wahrnehmen. Diese Stellen sollen die Einhaltung der Vorschriften des Gesetzes und der auf Grund des Gesetzes erlassenen Vorschriften überwachen und nach pflichtgemäßem Ermessen die im Einzelfall erforderlichen Maßnahmen, um deren Einhaltung sicherzustellen, treffen. Das Gesetz weist dem für den Naturschutz zuständigen Bundesministerium insbesondere auch die Aufgabe zu, für bestimmte Aufgaben Verordnungen zur Umsetzung zu erlassen.

Für die konkrete Aufgabenwahrnehmung verpflichtet das Bundesnaturschutzgesetz alle Behörden des Bundes und der Länder, bereits bei der Vorbereitung aller öffentlichen Planungen und Maßnahmen, die die Belange des Naturschutzes und der Landschaftspflege berühren können, hierüber die Naturschutzbehörden zu unterrichten und ihnen Gelegenheit zur Stellungnahme zu geben. Dies gilt auch umgekehrt für die Naturschutzbehörden.

Naturschutzbehörden der Länder sind vielfältig organisiert. Neben Verwaltungsbehörden sind Fachbehörden des Naturschutzes für die Aufgabenwahrnehmung nach den jeweiligen Landesgesetzen zuständig. Den kommunalen Stellen werden staatliche Naturschutzaufgaben übertragen. Besonderes Merkmal aller Aufgaben ist die Tatsache, dass hinter den Aufgaben keine Eigentümerinteressen des Naturschutzes oder Lobbyinteressen stehen. Die Aufgaben konkretisieren hingegen das Wohl der Allgemeinheit.

Die grundsätzliche Zuständigkeit der Länder für den Naturschutz hat in Deutschland zu einer vielfältigen Struktur des behördlichen Naturschutzes geführt. Staatliche  Naturschutzbehörden sind wichtig, damit die Aufgaben des Naturschutzes nicht lokalen Interessen oder Nutzerinteressen untergeordnet werden. Daneben erwarten z.B. auch Industrie- und Wirtschaftsvertreter einheitliche, länderübergreifende Entscheidungen mit transparenter Herleitung und hohen Standards.

Für Aufgaben der Bildung über Naturschutz sind in verschiedenen Ländern Akademien eingerichtet. In Jahresprogrammen werden eine Vielzahl von Veranstaltungen angeboten, die auch vom BBN vorgeschlagen und teilweise in Kooperation mit dem BBN durchgeführt werden.

Im politischen Bereich des Naturschutzes agiert auf Bundesebene ein Zusammenschluss aller obersten Naturschutzbehörden der Länder in der Länderarbeitsgemeinschaft Naturschutz. Diese Arbeitsgemeinschaft ist von der Umweltministerkonferenz aller für den Naturschutz zuständigen Minister eingesetzt worden. Zu bestimmten Fachthemen sind Ausschüsse eingesetzt. Die Ergebnisse werden auch veröffentlicht.

Die Naturschutzaufgaben der kommunalen Ebene werden auch in den Verbänden der Verwaltungsbehörden auf Bundes- und Länderebene behandelt.